酒醒香销愁不胜，如何更向落花行。去年高摘斗轻盈。
夜雨几番销瘦了，繁华如梦总无凭。人间何处问多情。
绍兴四年(1134年)，迁驾部郎官。是年春，苏、湖地震，旱魃为虐，百姓流离失所，而朝廷又无力安抚，洪应诏进疏，其言击中朝廷纪纲之失，终为奸相秦桧等人所憎。未几，起知广德军(安徽)。赴任伊始，救荒革弊，率百姓建坡凿塘600余处。自此，旱情顿缓，百姓对其备加称赞。其后，洪擢提江东刑狱，知真州。在任时，为陈旉《农书》作后序。时真州为宋、金交兵冲要之地，疮痍满目，百业皆废。洪兴祖数次请奏减免民租，招抚难民，并动员百姓垦辟荒地7万余亩，以济灾苦，洪兴祖此举，遭同朝怨属嫉恨。不久，他便徙知饶州。
绍兴二十四年(1154年)，洪因为已故龙图阁学士程瑀《论语解》撰序，不意序言多涉怨望，引起满朝非议。右正言王珉上言诋诬洪，云：“故龙图阁学士程瑀，本质妄庸，见识凡下，辄取先圣问答之书，肆为臆说。洪兴祖则为文以冠其首，则镂版以广其传，朋比之恶，盖极于此。”并恶言中伤洪兴祖云：“兴祖天资阴险，趋向不正，倾心附之，结为死党，如不痛惩，恐为乱阶。伏望圣断，将兴祖编置远方，以御魑魅。”时，秦桧柄权当国，谏官多出桧门，争相弹劾贤良以竞献媚之能事，朝中有望者，无不屏之远走。对王珉之言，亦竟无一人相责。洪兴祖素与秦桧言事不谐，曾与秦桧论：“乾坤”三封，秦桧言：“阴凝于阳必战。”洪兴祖不畏强权，奋起而斥：“阴终不可胜阳，犹臣终不可胜君；嫌于无阴，恶夫行己者。”秦桧以为嘲己，击案大怒。因此对洪兴祖恨之入骨，千方百计欲置于死地。同年十二月，洪兴祖编管昭州(广西平乐县)。次年八月，洪兴祖忧郁而卒。时年66岁。墓葬丹阳里庄竹塘村，后追赠敷文阁学士。
木之生，或蘖而殇，或拱而夭；幸而至于任为栋梁，则伐；不幸而为风之所拔，水之所漂，或破折或腐；幸而得不破折不腐，则为人之所材，而有斧斤之患。其最幸者，漂沉汩没于湍沙之间，不知其几百年，而其激射啮食之馀，或仿佛于山者，则为好事者取去，强之以为山，然后可以脱泥沙而远斧斤。而荒江之濆，如此者几何，不为好事者所见，而为樵夫野人所薪者，何可胜数？则其最幸者之中，又有不幸者焉。
予家有三峰。予每思之，则疑其有数存乎其间。且其孽而不殇，拱而不夭，任为栋梁而不伐；风拔水漂而不破折不腐，不破折不腐而不为人之所材，以及于斧斤之，出于湍沙之间，而不为樵夫野人之所薪，而后得至乎此，则其理似不偶然也。
然予之爱之，则非徒爱其似山，而又有所感焉；非徒爱之而又有所敬焉。予见中峰，魁岸踞肆，意气端重，若有以服其旁之二峰。二峰者，庄栗刻削，凛乎不可犯，虽其势服于中峰，而岌然决无阿附意。吁！其可敬也夫！其可以有所感也夫！